Орочимару родился и вырос в Токио. Он не знал своих родителей, так как был брошен еще в роддоме. Ему были не чужды любовь и дружба. Так ему казалось тогда. Рос он одиночкой. Просто рос и не замечал людей вокруг. Когда мальчику исполнилось пять лет, его отправили в детский дом на острове, так как тот, где он рос, закрыли из-за нехватки средств. Орочимару не стал перечить и переехал жить из мегаполиса на остров. Ему тут не очень нравилось, так как он привык к другой среде и к другим людям. Все складывалось не очень. Как всегда он был одиночкой и всех сторонился, пока не познакомился с Джираей. Такой позитивный паренек, который постепенно потерял всех своих родственников.
Ребята дружили. Тогда Орочимару задумался о том, что, может быть, все не так уж и плохо, что, может быть, и для него есть место на этом белом свете. В любом случае, парень старался дружить и быть хорошим для Джираи. Так же в их круге общение прибавилась такая девушка как Цунаде. Она всегда избивала блондина и с опаской смотрела на Орочимару. Ему это не очень нравилось, но спустя какое-то время они все же приняли друг друга. В итоге образовалась троица, которая почти всегда была вместе.
Как-то Орочимару начала увлекаться точными науками. Это его так увлекло, что в голове начали появляться вопросы, на которые никто не мог дать ответа. Тогда и начинается его странная деятельность. Парень начинает изучать животных. Но что самое странное, так это то, что он не испытывал жалости по отношению к ним, когда резал их. Потихоньку отдалился от Цунаде и Джираи. Просто полностью ушел в учебу и в свои исследования. Иногда Джирая все же дергал его, но постепенно начал отставать от него.
Поступил в институт и закончил его с высокими оценками. Пока учился в институте, увеличил свою базу и привлек несколько людей к себе. У него возникла идея развить способности человека, которые дремлют внутри. Все было бы хорошо, но однажды он решает все же украсть человека и порезать его. Тогда и произошло первое убийство в его жизни - он порезал незнакомца. Постепенно начал набирать обороты и полностью отвернулся от друзей.
Так как он окончил медицинский, он взобрался по карьерной лестнице, но ему это стало не интересно. Тогда он покупает небольшой участок земли на окрестности острова и строит там огромную больничку для людей с психическими отклонениями. Постепенно там все же появляются люди, так как закрывают в обычной больнице отделение с неуравновешенными.
Однажды ему приходит такая идея, что нужно попробовать на младенцах. В течение года Орочимару крадет детей и проводит над ними опыты. Так же он создает проект «Джинчурики». Особое внимание уделяется именно им, так как он хочет развить их способность управлять стихиями, но результаты превзошли его желания, а также эта сила вышла из-под контроля.
Орочимару разрабатывает такие техники как запечатывание информации,  то есть те, кого он отпускает, не могут рассказывать окружающим, что с ними происходило в подземелье Орочимару. Когда они начинают говорить о его деятельности, то просто теряют сознание. Эта печать находится под языком.
Во время пробы этой техники сбегает Наруко. То есть техника в то время была еще не доработанная и не полностью могла правильно функционировать. Девочка убегает в шесть лет, но так же она рассказывает о том, что с ней случилось, частично, отцу. А отец этой девочки мэр города. Орочимару понимал, что за ним придут и создал ловушки. До него дошли только Минато и Кушина, но ничего не смогли сделать, так как были отравлены ядовитым газом и пали. Орочимару не стал более трогать пока что ту девочку.
Он так же заманивал к себе детей, а некоторых крал. Заманивать ему больше нравилось, потому что они приходили добровольно, и не нужно было их держать взаперти.
Спустя 6 лет, еще двое убегают. Орочимару кидает все силы, чтобы найти их, но, увы, не может. Он сообщает своим людям на материке, что сбежали двое и они чрезвычайно опасны. Их не смогли найти сразу, но все же через пару лет находят. В то время Орочимару набирает обороты и становится весьма сильным конкурентом для Данзо и Мадары. Поняв, что у него огромная власть, Орочимару думает о том, чтобы занять пост мэра, но вот только там сейчас опасный Учиха. У которого неизвестно что на уме.